Zafer Çoktan, Ankara’nın Keçiören ilçesi Osmangazi Mahallesi’nde dünyaya geldi.
Merkez İmamhatip Lisesi’nde okudu. İstanbul Tıp Fakültesi’nden 1997 yılında mezun oldu.
Üniversite eğitimini tamamladıktan sonra Ankara’ya dönerek mesleğini icra etmeye başladı.
Lise yıllarında Refah Partisi’nde yer aldı. Daha sonra Fazilet Partisi’nde de görev aldı.
Zafer Çoktan, AK Parti Keçiören İlçe Başkan Yardımcılığı ve İlçe Başkanlığı görevinde bulunmuştur. Ayrıca AK Parti’den Keçiören Belediyesi Meclis Üyesi seçilmiştir.
31 Mart 2024 tarihinde yapılacak yerel seçimler için AK Parti’den Keçiören Belediye Başkan Aday Adayı olmuştur.